En 1848, l’abbé de La Planche est nommé par Monseigneur Morlot, curé de la nouvelle paroisse Saint-Michel pour évangéliser ce coin perdu de la capitale. Pour remédier au délaissement et à l’ignorance des enfants du quartier, il fit appel à la communauté des sœurs du Sacré-Cœur de Coutances fondée en 1652 par Jeanne Langlois et reconnue comme congrégation par ordonnance royale en 1846. La congrégation lui envoya deux sœurs institutrices pour enseigner dans la petite école rue Fauvet. Bientôt trop étroite, on transféra l’école dans un petit hôtel particulier situé avenue de Saint-Ouen.
En 1868, la communauté acheta un terrain derrière l’immeuble (l’actuelle cour) pour accroître sa capacité. L’établissement était appelé à tenir le premier rang parmi toutes les écoles du quartier nord de Paris.
En 1870, deux mois après l’inauguration de la chapelle de l’école, la guerre éclata. Après de multiples batailles et de nombreux blessés provenant des barricades soignés dans le pensionnat, les sœurs relevèrent les ruines et poursuivirent leur mission. Les bons résultats, tant au niveau du nombre d’élèves qu’au niveau réussites aux examens, encourageaient les sœurs à poursuivre en ce sens.
A la suite de la séparation de l’Eglise et de l’Etat, l’enseignement devenant laïc, la pension du Sacré- Cœur fut fermée par décret du 02 juillet 1907. Après bien des démarches auprès des plus hautes autorités (Ministre de l’intérieur : M. Clémenceau), la supérieure générale, Mère Saint Ursule, transforma l’établissement en maison de retraite et un dispensaire entièrement gratuit pour les pauvres du quartier vit le jour.
En 1912, Mère Sainte Ursule, se déclara prête à ouvrir dans sa communauté une ambulance de 20 lits avec tout le matériel nécessaire en souvenir des services rendus en 1870. Le 02 août 1914, le tocsin lui rappelle son engagement. A son inspection le 30 août, le service de santé de la Xème région trouve 50 lits : il classe le dispensaire en hôpital. Au total, 520 soldats y furent soignés. L’un d’entre eux déposa au pied de la statue du Sacré-Cœur dans la chapelle une plaque de marbre blanc portant l’inscription : « Hommage de reconnaissance des blessés au Sacré- Cœur ». En 1918, le dispensaire et la maison de retraite reprirent leurs activités.
En septembre 1939, le fléau de la guerre ressurgit. Le 03 juin 1940, un terrible bombardement mit Paris en émoi. Les salles du Sacré-Cœur furent réquisitionnées comme poste de secours aux blessés civils. Le 06 juin 1940, une alerte est donnée secrètement par téléphone à tous les postes de secours : on prévoyait l’entrée des chars dans Paris. Le 09 octobre 1940 le maréchal Pétain abroge les lois refusant aux congréganistes le droit d’enseigner, la maison de l’avenue de Saint-Ouen redevient une école ! Parallèlement, le dispensaire reste ouvert alors que la maison de retraite ferme.
Au fil des années, les religieuses éprouvèrent de grandes difficultés de recrutement et confièrent leurs postes de direction à des laïcs. En 1975, Mademoiselle Verschaeve devint la première directrice laïque de l’établissement et instaura la mixité. Les élèves garçons du primaire de l’école Saint-Michel furent accueillis au Sacré-Cœur alors que les filles du collège du Sacré-Cœur partirent à Saint-Michel.
En 1978, l’ancienne école avenue de Saint-Ouen fut démolie et remplacée par un immeuble d’habitation. L’établissement est transféré rue Dautancourt.
En 1984, l’école comprenait 14 classes.
Aujourd’hui l’école comprend 22 classes.
Le Sacré-Cœur s’attache à mettre l’enfant en valeur par son travail mais aussi par sa vie au sein de l’établissement. L’enfant prend une part active à la vie de son école : c’est ainsi que se développent, à titre d’exemples, un conseil de vie scolaire composé des représentants des élèves de cycle III, une commission des repas prenant en considération les attentes des enfants… S’étant dotée d’un règlement intérieur innovant, l’épanouissement de l’enfant reste l’objectif de chacun des membres de la communauté éducative. C’est à ce titre qu’une classe » regroupement d’adaptation » s’est ouverte en 2005.